Fakultet za pomorstvo (u daljem tekstu Fakultet) nastavlja viševjekovnu tradiciju obrazovanja i obuke kadrova u pomorstvu na prostorima južnog Jadrana.

Fakultet je formiran 1999. godine kada je došlo do organizacionog razdvajanja Fakulteta za turizam i hotelijerstvo i Fakulteta za pomorstvo.

Prije toga, Fakultet je u obliku i pod imenom Fakultet za pomorstvo egzistirao od 1983. godine. U tom periodu Fakultet je imao odsjeke koji su pružali dvogodišnju i četvorogodišnju nastavu.

Od 1959. godine pa do 1983. godine organizacioni oblik Fakulteta je bio na nivou više škole. Godina 1959. uzima se kao godina formiranja Fakulteta za pomorstvo. Tada je  Zakonom o pomorskoj školi formirana samostalna ustanova za obrazovanje, Viša pomorska škola - Kotor. To je bila druga po redu formirana škola tog nivoa i profila u bivšoj Jugoslaviji i imala je dva odsjeka: Pomorsko-nautički i Brodomašinski. Kasnije su se u procesu razvijanja Fakulteta, na zahtjev i prema potrebama privrede, osnivali, odnosno gasili određeni odsjeci.